@MASTERSTHESIS{ 2024:1190399656,
 	title = {Diversidade microbiana no l?quido cefalorraquidiano de pacientes com neuroinfec??o},
 	year = {2024},
 	url = "https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/10055",
 	abstract = "Introdu??o: As infec??es do sistema nervoso s?o um desafio para a neurologia cl?nica, pois o diagn?stico tardio pode contribuir para a incapacita??o e, ?s vezes, ao ?bito. Considerando que grande parte do diagn?stico permanece sem identifica??o do agente infeccioso, novas tecnologias s?o desenvolvidas para contribuir com o diagn?stico. Objetivo: Este estudo tem como objetivo principal identificar a diversidade microbiana utilizando metagen?mica em amostras de l?quido cefalorraquidiano (LCR) de pacientes com suspeita de neuroinfec??o. M?todos: Trata-se de um estudo observacional, descritivo e retrospectivo, que analisou amostras de LCR de casos confirmados e suspeitos para infec??es virais e bacterianas. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina MiSeq System baseada na liga??o de fragmentos de DNA em beads magn?ticas, e retornou um total de 15.696.300 reads com informa??es de cinco amostras de LCR. Todos os dados gerados foram baixados, validados e analisados quanto ? qualidade para verificar a perda sobre cada leitura. Al?m disso, para melhorar a qualidade dos reads, os adaptadores, sequ?ncias de baixa qualidade e cerca de 10 nucleot?deos nas extremidades da fita de DNA foram cortados. Os pipelines DRAGEN metagenomics e KRAKEN2 foram utilizados para a classifica??o taxon?mica das reads. Resultados: A an?lise de qualidade das reads com q score ? 30 foi de 86,10%, dos quais em 15,3% foi poss?vel classificar 167 esp?cies de microrganismos nas amostras selecionadas. Cerca de 1.399.082 reads foram alinhadas ao genoma do hospedeiro. No entanto, a an?lise mostrou predomin?ncia do filo Proteobacteria (9,9%), Firmicutes (2,59%) e Actinobacteria (0,29%). Dentre as 17 amostras selecionadas, apenas em 5 (29,4%) foi poss?vel realizar a an?lise metagen?mica. Em 3/4 (75%) das amostras com identifica??o etiol?gica o resultado do NGS corroborou com o achado pelos m?todos convencionais. Na amostra sem identifica??o etiol?gica, houve identifica??o de esp?cies dos g?neros Staphylococcus, Streptococcus e Burkholderia, onde o complexo B. cepacia foi considerado o poss?vel pat?geno causador da mastoidite e meningite. Conclus?o: O uso do mNGS associado a outros testes para detec??o de microrganismos no LCR ? importante para identifica??o destes pat?genos no LCR. Dessa maneira, esse estudo pode gerar pesquisas futuras que permitam explorar as reads obtidas para cada amostra, sobretudo aquelas que n?o tiveram hits com nenhum grupo taxon?mico, de forma a aumentar ainda mais a sensibilidade do teste.",
 	publisher = {Universidade Federal do Amazonas},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biotecnologia},
 	note = {Instituto de Ci?ncias Biol?gicas}
}