@PHDTHESIS{ 2006:553740613,
 	title = {Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seq?enciamento de ests.},
 	year = {2006},
 	url = "http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4385",
 	abstract = "O camu-camu (Myrciaria d?bia (H.B.K.) McVaugh) ? uma esp?cie nativa da regi?o Amaz?nica, cujo fruto apresenta elevado teor de ?cido asc?rbico (vitamina C). O estudo do genoma funcional em frutos de camu-camu tem como base o seq?enciamento de fragmentos de seq??ncias expressas - ESTs (Expressed Sequence Tags). Diante do exposto a presente tese pretende analisar e identificar genes expressos em frutos de camu-camu por meio de seq?enciamento de ESTs. O RNA total foi extra?do a partir da casca-polpa. O seq?enciamento da extremidade 5? de insertos de cDNA foi realizado tanto no Laborat?rio de Tecnologia do DNA da UFAM e como na Plataforma de Seq?enciamento da EMBRAPA/CENARGEN. As seq??ncias ESTs obtidas foram submetidas ao Sistema Genoma, programa de anota??o gen?mica que integra programas de gerenciamento de an?lise e visualiza??o de seq??ncias nucleot?dicas. Os resultados obtidos foram o desenvolvimento de um procedimento eficiente para extra??o de RNA total de frutos de camu-camu que possibilitou a obten??o de mRNAs de qualidade, utilizados na confec??o de cDNAs de tamanhos variados (500pb a 4Kb). A partir do seq?enciamento foram obtidas 3196 ESTs v?lidas, sendo formados 1546 singletons e 358 contigs, resultando num total de 2586 seq??ncias ESTs com similaridade a seq??ncias encontradas no banco de genes. A an?lise da clusteriza??o da biblioteca revelou um ?ndice de 81% de novidade e 33% de redund?ncia. Cerca de 90% dos contigs apresentaram baixa redund?ncia (2-4 reads por contigs). Os dados da categoriza??o das prote?nas identificadas destacaram a categoria modifica??o p?s-traducional, prote?na turnover, chaperonas (13,2%). A partir do levantamento das esp?cies com maior n?mero de ESTs com similaridade a seq??ncias de camu-camu destacou-se Arabidopsis thaliana com 49%. Cerca de 10 uniques apresentaram alt?ssima similaridade (e-value 0.0) a genes conhecidos. Os ESTs mais abundantemente expresso em frutos de camu-camu codificam a glutationa s-transferase. Foram observados cerca de 3% de seq??ncias (97 ESTs) com baixa similaridade (e-value > e-1010) e 15% n?o apresentaram similaridade com nenhuma seq??ncia contida no banco de genes. Foram identificadas 138 seq??ncias ESTs (4,3%) que codificam chaperonas moleculares com destaque ? fam?lia sHSP que representa 33% das chaperonas expressas. ESTs relacionados ao metabolismo do ?cido asc?rbico tamb?m foram identificados, sendo nove relacionados a s?ntese e seis voltados para convers?o e reciclagem do ?cido asc?rbico. ESTs relacionados ao amadurecimento e mecanismos de defesa do fruto tamb?m foram destacados.",
 	publisher = {Universidade Federal do Amazonas},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biotecnologia},
 	note = {Instituto de Ci?ncias Biol?gicas}
}