@PHDTHESIS{ 2015:1921870958,
 	title = {Desvendando processos atuais e hist?ricos dos peixes migradores e sedent?rios: uma abordagem gen?mica, filogeogr?fica e gen?tico-populacional entre as Bacias do Orinoco e Amazonas},
 	year = {2015},
 	url = "http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4836",
 	abstract = "Os rios Amazonas e Orinoco possuem a maior diversidade de ictiofauna do planeta, a qual ? estimada entre 1300 - 3000 esp?cies de peixes. Grande parte desta diversidade ? compartilhada entre elas, mas ? respeito n?o existem estudos robustos que sustentem os limites espaciais, temporais e nem o modo de intera??o desta ictiofauna entre os dois sistemas fluviais, impedindo assim definir as bases cient?ficas que permitam orientar pol?ticas para seu correto uso pesqueiro e prioriza??o de ?reas de conserva??o. Com o objetivo de conhecer a hist?ria evolutiva e rela??es populacionais atuais e hist?ricas entre a ictiofauna compartilhada para as bacias, bem como a configura??o espacial das suas unidades de conserva??o, foi realizada uma abordagem filogeogr?fica e gen?mico/gen?tico-populacional utilizando oito esp?cies de peixes altamente explorados como modelo: cinco migradores (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) e tr?s sedent?rios (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi e Pterophyllum altum). Para tanto, o estudo foi realizado em quatro etapas, duas de cria??o de algumas ferramentas gen?micas para as an?lises, e duas de aplica??o de ferramentas gen?ticas e/ou gen?micas para responder as perguntas iniciais. Primeiro, foi padronizada e caracterizada uma metodologia para o desenvolvimento de bibliotecas gen?micas para a descoberta e genotipagem de novo de SNPs em esp?cies n?o-modelo. Segundo, para verificar a reprodutibilidade e efici?ncia do m?todo na descoberta de tags de sequ?ncia, genotipagem de novo e desenho de primers em regi?es flanqueadoras de SNPs, foi aplicado dito m?todo utilizando como modelo ?s esp?cies B. rousseauxii e C. macropomum. Terceiro, foram utilizadas sequ?ncias de ADNmt (Citocromo oxidase I e Regi?o controle) e ADNnu (Glycosiltransferase e Cadeia pesada 6 alfa da miosina do m?sculo card?aco) para an?lises gen?tico-populacionais e filogeogr?ficos com o objetivo de testar a hip?tese de conectividade atual e hist?rica entre bacias. Quarto, foram delimitadas as unidades de conserva??o (Unidades Evolutivas Significantes - ESUs, Unidades Adaptativas - AUs e Unidades de Manejo - MUs) incluindo novas evid?ncias como an?lises multilocus (Species trees), dados ecol?gicos (pH e pluviosidade) e dados gen?micos. Como resultado, obteve-se um m?todo de desenvolvimento totalmente compat?vel e eficiente na produ??o de leituras em IonTorrent PGM. O m?todo demonstrou efic?cia na descoberta de tags de sequ?ncia (18772 ? 22476), genotipagem de novo (268 ? 398 SNPs) e desenho de primers em regi?es flanqueadoras de SNPs (23 ? 39 SNPs). As an?lises populacionais mostraram uma forte estrutura para todas as esp?cies entre bacias, mas n?o dentro destas (exceto para os peixes sedent?rios). Das oito esp?cies avaliadas, apenas P. orinocoense/P. punctifer apresentou evid?ncias de fluxo g?nico recente entre bacias, sendo atrav?s do Casiquiare. Apesar disso, para todas as esp?cies, o ADNnu mostrou um forte compartilhamento de grupos biol?gicos entre bacias, sugerindo que a diverg?ncia entre estas ? recente. As an?lises de coalesc?ncia mostraram que apenas as popula??es de N. unifasciatus do Orinoco e Amazonas divergiram no Plioceno, enquanto que o resto das esp?cies divergiu no Pleistoceno. Em qualquer caso, n?o coincidindo com a hip?tese de vicari?ncia entre bacias, gerada pelo Arco do Vaup?s no M?dio Mioceno. As evid?ncias gen?ticas, gen?micas e ecol?gicas permitiram delimitar ESUs e MUs, mas n?o AUs para nenhuma esp?cie. Na maior parte dos migradores as bacias constitu?ram uma ?nica ESU com MUs independentes (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), mas s? para B. rousseauxii e P. brachypomus cada bacia constituiu uma ESU independente. Para os peixes sedent?rios foi observado um maior n?mero de ESUs comparado com os migradores, sendo que pelo menos uma destas unidades foi compartilhada entre bacias, enquanto que outras foram exclusivas. Este estudo demonstra que as bacias do Orinoco e Amazonas possu?ram uma conectividade hist?rica at? um passado muito recente, ao ponto de hoje se manter esta condi??o de conex?o para parte da sua ictiofauna.",
 	publisher = {Universidade Federal do Amazonas},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Biotecnologia},
 	note = {Instituto de Ci?ncias Biol?gicas}
}